微波对微生物的影响除热力效应外,还存在非热力效应作用.非热力效应是指在温度没有明显变化的情况下,细胞所发生的生理、生化和功能上的变化,又称生物效应.微波加热过程是交变电磁场对物料中水、蛋白质、核酸等极性分子发生作用,使极性分子产生高速取向运动,相互摩擦,导致内部温度急剧升高,使微生物细胞内的蛋白质、核酸等分子结构改性或失活,对微生物产生破坏作用.在升温的同时,微波会使细胞膜破裂和改变脂质体的渗透性,对微生物细胞赖以与外界交换能量和信息的保持其正常生态活动的离子通道产生影响,使微生物细胞出现调节功能严重障碍,达到灭菌的目的.此外,微波具有选择加热的特性,对微生物的作用的作用要大于对微生物生长介质的作用.曾经有人对灭菌过程中是否存在非热力效应提出疑问,但已有不少实验结果表明,微波杀菌中确实有非热力效应存在.但由于无法对非热力效应对杀菌效果的增强作用进行量化,为保证加工食品的微生物学安全性,在工艺设计过程中通常只考虑热力效应.