1.消毒灭菌后洁物与污物的交叉感染问题
依靠消毒液进行灭菌的无菌敷料，器械进入洁净手术室要通过污物走廊，易产生交叉污染。
2.设备感染问题
室温的控制，采用窗式空调和风机盘管进行调节。而窗式空调自身是一个发尘、发菌源，长期使用会使室内尘埃数和细菌浓度增高。普通风机盘管表面及集水盘自身都是一个污染源，容易积尘滋生细菌，特别在夏季有污染室内空气的危险。?
3.设备维修感染问题?
风机盘管的维修及保养均在室内进行，不但会影响手术室的使用率，而且由于管配件多，使用时易泄露，并在维修时由于风机盘管的拆装，机内的存水易污染吊顶，产生二次污染，所以窗式空调和普通风机盘管这两种形式的空调都不能用于洁净手术室。
4.普遍存在着的低级别的净化空调系统，这些系统的新风量不足，送风量也不够，也难以满足有一定洁净度要求的手术的进行。
5.在建筑功能布局上也存在着不合理性，主要表现为洁污路线不分，没有划分洁净区和非洁净区。手术后的污物和无菌手术的器械及医生从同一条走廊进出，这样很容易产生交叉污染。
6.无科学系统的排风系统室内无排风系统或有排风系统，但手术部内很少能形成合理的正压分布和有序的气流组织，室内通风换气无法正常进行造成洁净区净化等级达不到净化标准。
7.更衣室的交叉污染问题?医生更衣换鞋后不能马上进入洁净区或缓冲间，而是进入了非洁净走廊后再进入洁净区，这造成更衣后的交叉污染。
8.装修标准不达标
环境表面，手术室内装饰标准达不到国家要求，例如：墙面地面壁面顶棚灯具及桌子与病床等表面材质形状都十分重要。其中任何一个环节的疏忽都可能造成污染的增加。
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