制药废水的处理技术可归纳为以下几种：生物处理法、化学处理法、物理化学处理法、物理处理法等四种，各种处理方法具有各自的优势及不足。
1. 生物处理技术
生物处理技术是一般有机废水处理系统中最重要的过程之一，是利用微生物，主要是细菌的代谢作用，氧化、分解、吸附废水中可溶性的有机物及部分不溶性有机物，并使其转化为无害的稳定物质从而使水得到净化的技术。在现代的生物技术处理过程中，主要有好氧生物氧化、兼氧生物降解及厌氧消化降解被广泛应用，生物处理技术由于经济可行、无二次污染等特点，已越来越引起重视。
2. 化学处理技术：化学处理技术是应用化学原理和化学作用将废水中的污染物成分转化为无害物质，使废水得到净化的方法，其单元操作过程有中和、沉淀、氧化还原、催化氧化和焚烧等。
3. 物理化学处理技术：物理化学处理技术是指废水中的污染物在处理过程中通过相转移的变化而达到去除目的的处理技术，常用的单元操作有萃取、吸附、膜技术、离子交换等。
4. 物理处理技术：物理处理技术是指应用物理作用来分离废水中的溶解物质或乳浊物改变废水成分的处理方法，如格栅（筛网）、沉淀(沉砂)、过滤、微滤、气浮、离心(旋流)分离等单元操作，已成为废水处理流程的基础，目前已较为成熟。尽管以上处理技术经过一百多年的发展，至今已经比较成熟，但由于制药废水成分复杂、有机物含量高、毒性大、色度深和含盐量高，且生化性很差、间歇排放，属极难处理的工业废水。我公司根据废水的特性，指定了化废为宝、综合利用的引导方针，经研究确定了蒸发分离综合利用的处理技术，本工艺操作简单、运行成本较低，以下就我公司高浓度有机废水的处理技术作一简要论述。
开封制药厂污水处理设备一般生产废水：
包括尚未接触药物成分的瓶子、胶塞、铝盖、辅助设备等的清洗废水、工艺冷却水、动力设备冷却水、循环冷却水系统的排水、去离子水、纯化水、注射用水、纯蒸汽制备系统的浓水、不合格水、冷凝水排水等。
该部分废水基本为清洁废水，主要污染物为极少量的SS。其中“蒸馏水机、纯蒸汽制备系统的浓水、不合格水、冷凝水排水（含工业蒸汽冷凝水）”等硬度极低的废水，可以直接收集回用到锅炉给水，其它工艺冷却水可以闭路循环使用，无害清洗废水可以进入厂内沉淀收集池，采用PAC混凝沉淀、过滤处理，达到《城市污水再生利用城市杂用水水质》（GB/T18920-2002）标准中的冲厕水标准后全部回用于厂内绿化、厂区道路清洗、冲厕等中水回用。
生活污水：经隔油池、化粪池等处理达标后排入市政污水管网，进入市政污水处理厂进行集中处理。
制药废水的处理方法一般有以下几种：物化处理、化学处理 、生化处理以及多种方法的组合处理等，各种处理方法具有各自的优势及不足，在此不一一赘述。
大部分制药废水单独采用生化法处理无法达标，一般在生化处理前进行必要的预处理，设计调节池调节水质、水量和pH，根据实际情况采用某种物化或化学法作为预处理，以降低水中的COD、SS、含盐量，减少废水中的生物抑制性成分，提高可降解性，以利于后续生化处理。
预处理后的废水，可根据废水成分与特点利用CASS工艺进行厌氧、好氧生化处理，如果出水水质要求较高，CASS工艺后还需继续进行深度后处理。具体工艺的选择应综合考虑废水性质、工艺的处理特点、投资费用、运行维护成本等因素，做到技术可行，经济合理。
随着膜处理技术的不断发展，膜生物反应器(MBR)在制药废水处理中的应用逐渐广泛。MBR综合了膜分离技术和生物处理的特点，具有容积负荷高、抗冲击能力强、占地面积小、剩余污泥量少等优点，将会使MBR在制药废水处理领域中得到更加广泛的应用。
无毒无害、易生物降解的有机废水，可采用两段处理工艺：段为H/O生物处理，第二段为MBR处理。H/O工艺，为水解/好氧循环悬浮活性污泥法，属于对有机物的强化生物处理，MBR为“生物活性炭-膜”构成的一体化处理技术，对有机物深度生物处理的同时进行了膜过滤。
如果有机废水在厂内自建污水处理站处理达到《地表水环境质量标准》（GB3838-2002）III类水质标准和《化学合成类制药工业水污染物排放标准》表2标准后，可以全部中水回用于循环冷却水系统补水、非生产厂房清洁、厂区绿化厂区道路清洗、景观水池补充、冲厕等。
对于“高COD废水”、“有毒有害、难降解”废水，如果采用固液分离后仍然无法进行低成本的、有效的处理，处理技术难度较大、前期污水处理设施投资较大的，一般可以采取集中收集、包装外运，交由第三方专业处理机构来处理，这样做的结果是减少了初期投资，增加了运营费用。
由于某些制药废水中含有大量可回收利用的物质，对这类制药废水的处理，应首先考虑废物回收和综合利用，通过回收使资源得到可持续利用，实现环境保护和经济效益的统一。
但一般来说，制药废水成分复杂、不易回收，且回收的工艺流程复杂、成本较高。所以，建议在制药生产过程中的各种废液、母液、废溶剂、废水单独进行分类收集、分类处理，比混合后的处理更加简单、有效，先进高效的制药废水综合治理技术是彻底解决污水问题的关键所在。
